命門，在人身之中，對臍附脊骨，自上數下則爲十四椎，自下數上則爲七椎。《內經》曰∶七節之旁有小心，此処兩腎所寄，左邊一腎屬隂水，右邊一腎屬陽水，各開一寸五分，中間是命門所居之宮，即太極圖中之白圈也。其右旁一小白竅，即相火也。其左旁之小黑竅，即天一之真水也。此一水一火俱屬無形之氣，相火稟命於命門，真水又隨相火，自寅至申，行陽二十五度，自酉至醜，行隂二十五度，日夜周流於五髒六腑之間，滯則病，息則死矣。人生男女交媾之時，先有火會而後精聚，故曰火在水之先。人生先生命門火，此褚齋賢發前人之所未發，世謂父精母血非也。男女俱以火爲先，男女俱有精，但男子陽中有隂，以火爲主，女子隂中有陽，以精爲主，謂隂精陽氣則可，男女郃此氣交聚，然後成形，成形俱屬後天矣。後天百骸俱備，若無一點先天火氣，盡屬死灰矣。然元陽君主之所以爲應事接物之用者，皆從心上起經綸，故以心爲主。至於棲真養息，而爲生生化化之根者，獨藏於兩腎之中，故尤重於腎，其實非腎，亦非心也。（《馮氏》）
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李時珍曰∶命門爲藏精系胞之物，其躰非脂非肉，白膜裹之，在脊骨第七節兩腎中央，系著於脊，下通二腎，上通心肺，貫腦，爲生命之原，相火之主，精氣之府，人物皆有之，生人生物，皆由此出。男女媾精，皆稟此命火以結胎，人之窮通壽夭，皆根於此。